Фухимори избяга в Токио в края на 2000 г. след 10-годишно управление. Там, в родината на родителите си, той получи и гражданство, въпреки настояванията да бъде екстрадиран оттам. Прокуратурата в Перу го разследва за участие в съмнителни сделки с оръжие на стойност милиони долари, за нарушаване на човешките права и за организиране на убийството на 15 души.
Мд дународна заповед за арестуването на бившия президент на Перу Алберто Фухимори издаде върховният съд на страната. Той е обвиняван в самоволно и необосновано напускане на поста и неизпълняване на служебните си задължения. За тези деяния той може да получи до две години затвор.