През 1977 г. напуска Югославия, за да изучава философия в университета в Констанц в Германия. Там получава докторска степен, а негов преподавател е големият немски философ, социолог и политически мислител Юрген Хабермас. Завръща се в родината си чак след падането на Берлинската стена 12 години по-късно.
През 1989 г. основава Демократическата партия заедно с други сръбски дисиденти интелектуалци, сред които и Воислав Кощуница. На следващата година влиза като депутат в сръбския парламент, през януари 1994 г. Джинджич е избран за лидер на Демократическата партия.
През зимата на 1996-97 г. Милошевич не признава победата на опозицията на местните избори и Джинджич, заедно с опозиционните лидери Вук Драшкович и Весна Пешич оглавява 88-дневните улични протести в Белград.
През 1997 г. го избират за кмет на Белград (първият столичен кмет - некомунист), но след проблеми в коалицията си отстъпва поста, припомня още Си Ен Ен. По време на бомбардировките на НАТО през 1999 г. бяга от Сърбия, като твърди, че се страхува за живота си.
След края на бомбардировките се завръща и отново участва в протестите срещу Милошевич. В средата на 2000 г. е избран за координатор на обединената опозиция и се смята за главен стратег за победата над Милошевич. После играе важна роля за организирането на уличните протести, след като през септември 2000 г. Милошевич отказва да признае загубата от опозицията в президентските избори, когато бива избран Воислав Кощуница.
След убедителна победа в парламентарните избори през декември 2000 г. става първият премиер на Сърбия от 50 години насам, който не идва от редиците на комунистическа или социалистическа партия.
Освен виден дисидент д-р Зоран Джинджич бе и един от водещите сръбски интелектуалци, автор на няколко книги.
