В нея централно място заема Заветът на Св. Иван Рилски към неговите ученици, писан от светеца през 941 г., показан в игуменски препис от 19-и век.
"Завещавам ви да пазите светата вяра непорочна от всякакво злословие, без да я примесвате с чужди и разни учения... Най-вече се пазете от змията на сребролюбието, защото сребролюбието е корен на всяко зло според апостола...", се казва в този знаменит текст с изключително значение за българската история.
Хрисовулът (грамотата) на цар Иван Шишман от 1378 г., с който владетелят дарява земи и селища на манастира, за да може да се издържа, е друг забележителен документ, показан в музея. Неговият оригинал пък се пази в много богатата манастирска библиотека.
Оригиналът на икона на основателя на манастира Св. Иван Рилски от 19-и век, владишки трон и дърворезбована врата от старата манастирска църква от 14-и век, Крупнишкото четвероевангелие с позлатен обков от 1577 г., оригинали на турски фермани от 14-19-и век, с които султаните са потвърждавали привилегиите на манастира, глаголически листове от 12-и век са сред най-ценните експонати, повечето показани сега за първи път.
Той е изработен от монаха Рафаил през 1802 г. Богатата дърворезба съдържа 36 сцени от Свещеното Писание с около 600 фигурки и е признат за уникат на изкуството на дърворезбата в световен мащаб.
Сега кръстът е изложен във витрина с постамент от негорима и водоустойчива материя и с бронирани стъкла.
По време на ремонта, организиран по инициатива на игумена, са подменени изцяло електрическата, климатичната и сигнално-охранителната инсталация, както и осветлението, настилките и витрините. Поставени са камери за видеонаблюдение.
Музеят работи всеки ден без почивка от 8:30 до 16:30 ч. През 2006 г., до началото на ноември, когато започна ремонтът, е бил посетен от близо 70 хиляди души.
