П ожизнена пенсия 200 лв. му беше отпусната едва през 2002 г. при управлението на Симеон Сакскобургготски, т.е над 16 години след освобождаването му от италианския затвор.
Многобройните разследвания и публикации вече повече от 25 години не разкриват достоверни доказателства за истината за заговора срещу папа Йоан Павел Втори.
Остана обаче най-основателното съмнение - че съветското ръководство, начело с Л. Брежнев и Ю. Андропов е имало интерес да премахне папата заради огромното му влияние върху антикомунистическите настроения в Полша.
Името на България се оказа замесено в аферата може би заради тесните връзки на комунистическия режим и неговите спецслужби с трафика на наркотици и оръжие, както и заради връзките му с леви и десни турски екстремисти в този контрабанден бизнес.
На 7 декември 1995 г. по време на аудиенция на президента Желю Желев, папа Йоан Павел Втори за първи път заяви, че България няма вина за престъплението, извършено от Агджа.
На въпрос на президента Желев:"Вярвате ли, че българският народ може да има нещо общо с атентата срещу Вас?", папата отговори: "Намеквате за т.нар. българска следа? Вината е винаги лична. Тази следа трябва да бъде изтрита. И надявам се по този въпрос да говорим, когато пристигна в България."
В интервю от 9 октомври 1996 г. в италианския вестник "Кориере дела сера" Агджа заяви, че на 13 май 1981 г. е стрелял срещу папата по свое решение, а агенти на италианските тайни служби са му внушили версията за т.нар. "българска следа".
Пред журналиста Марко Незе, Агджа декларира: "Българската следа" е измислица на тайните служби. Сега, когато папата страда в болницата, мога да го кажа - всичко беше една машинация."
По искане от юли 1997 г. на министъра на вътрешните работи Богомил Бонев и на министъра на външните работи Надежда Михайлова към германските тайни служби по повод публикации в германската преса за разкрития на Щази за "българска следа" в атентата срещу папата, през септември 1997 г. в МВР беше получена папка с копия на кореспонденции между Щази и бившата Държавна сигурност. Там не се съдържат факти за "българската следа".
