Първите посетители днес - сред тях бяха и президентът Георги Първанов, и кметът на София Бойко Борисов - за първи път видяха най-старите фрески от X-XI век, времето преди боянският майстор да изпише образите на севастократор Калоян и съпругата му Десислава (вж. фоторепортаж).
Боянската църква, която е обявена за паметник на културата от национално и световно значение, е била затворена за посетители през 1954 г. Реставрацията започнала 10 години по-късно и през през 1998 г. била спряна. Тогава започнали да пускат посетители на малки групи.
Без реставрация останала най-старата част на храма, строена в края на Х век.
През 2005 г. управлението на църквата беше дадено на Националния исторически музей. Директорът на музея Божидар Димитров разказва:
"Много исках да възстановим и най-старите фрески. С изумление установих, че българските реставратори се боят от тази работа - да не би да развалят шедьоврите. Трябваше да открия един смел човек и го намерих в лицето на проф. Григори Григоров, декан на катедра "Реставрация" в Националната художествената академия".
На всичко отгоре фреските са били лакирани, което не е позволявало на живописния слой да диша. С течение на времето по-голямата част от тях са били унищожени, но специалистите са били щастливо изненадани от откриването на напълно запазен образ на Св. Богородица.
Реставраторите са работили с акрилни бои, за да се отличава тяхната намеса от оригинала. Те са разкрили и трите слоя фрески на различни поколения зографи.
Според историците църквата е строена през Х век и е разширявана два пъти по-късно. Тя е малка кръстокуполна постройка, която блести не с архитектурните си качества, а със стенописите.
През XIII век била разширена и обновена по поръка на местния владетел севастократор Калоян. Неизвестни зографи изписали всички стени, като покрили фреските от XII век (преди тях има и от Х - ХІ в.).
В канонична композиция е създадена галерия от образи, взети от живота. Запечатани са първото изображение на свети Иван Рилски, на ктиторите, на света Петка, на цар Константин Асен и царица Ирина - владетели от Второто българско царство.
Най-красиви са ликовете на Калоян и Десислава, за които се предполага, че са позирали на боянския майстор. Световни специалисти не един път са определяли тези образи за предшественици на Европейския Ренесанс.
За възстановяването на най-старата част по инициатива на Божидар Димитров са били събрани 165 хил. лв. от дарители, чиито имена са изсечени на плоча от черен мрамор, поставена вдясно от входа на храма.
