През есента на 1893 г., на 23 октомври в Солун шестимата българи - Дамян Груев, д-р Христо Татарчев, Иван Хаджиниколов, Петър Попарсов, Андон Димитров, Христо Батанджиев основават легендарната ВМРО с първоначално название "Български Македоно-Одрински революционен комитет". През 1902 г. тя се преименува в "Тайна Македоно-Одринска революционна организация" (ТМОРО), през 1905-а става "Вътрешна Македоно-Одринска революционна организация" (ВМОРО), а след 1913-а - само ВМРО. Цел на революционната организация е пълната политическа автономия на Македония и Одринско и по-сетнешното им присъединяване към България. По думите на Дамян Груев образец за създаването и дейността на ВМРО е била революционната организация на Раковски, Каравелов и Левски.
Активната дейност на българската общественост в княжеството намира израз в създаването през 1895 г. на Върховен македонски комитет. Между вътрешната организация и върховният комитет се установяват тесни връзки на сътрудничество.
През 1902 г. избухва Горноджумайското въстание. Организирано и проведено от ВМК без сериозна подготовка и обхват, въстанието е жестоко смазано от турските власти. Последствията са изключително тежки за българското население в Македония и дейността на вътрешната организация.
През януари 1903 г. на конгрес на ТМОРО е взето решение за избухване на въстание. Възприема се тактиката на перманентната революция: в Битолски окръг въстанието да избухне на Илинден, в Одринско - на Преображение, а в Серски революционен окръг - на Кръстовден.
В края на април 1903 г. група български младежи извършват серия атентати в Солун с цел да принудят Великите сили към прилагане на реформите, предвидени в чл. 23 от Берлинския договор. На 4 май в бой на българска чета с турски войскови части край село Баница загива Гоце Делчев.
На 2 август въстанието избухва. Освободени са планинските райони на Битолска, Леринска, Костурска, Охридска и Кичевска кааза. На 18 август започват и бойните действия в Одринско. Освободени са Василико и Ахтопол, турските части са изтласкани към Малко Търново и Лозенград.
Турското правителство хвърля огромни сили за потушаване на въстанието. В станалите 239 сражения срещу 350-хилядната турска армия се сражават 26 000 въстаници. Загиват 994 от тях, опожарени са 201 села, убити са 4600 души мирно население, а други 25 000 емигрират в Княжество България.
Преждевременно избухнало в неблагоприятна международна политическа обстановка, въстанието не постига целта си. България е принудена да запази неутралитет. Предизвиканата активност на Великите сили не допринася за реформиране на статуквото.
