На 23 декември 2011 г. Томов бе осъден да излежи пет години в затвора от състав на Софийски градски съд. Получи и осем години забрана за заемане на публична длъжност.
Тома Томов беше подсъдим по дело за подкуп, заедно с бившия си заместник Димитър Викентиев и бившия следовател Цеко Кривачков.
През юли 2009 г. Софийската градска прокуратура възобнови делото срещу него. Заедно с Викентиев той трябваше да отговаря за престъпление по служба, подкуп и принуда.
Тогава имунитетът на Томов бе поискан от главният прокурор. През октомври 2010 г. Софийски градски съд прекрати частично наказателното производство срещу двамата поради изтекла давност, тъй като били минали 10 години, откакто са извършени престъпленията, а според обвинението те станали през 1998 г.
Сега присъдата на Софийски градски съд от 23.12.2011 г., е изменена. Наказанията за Томов вече са три години условно с 3-годишен изпитателен срок.
По същия начин съдът промени присъдата на Софийския градски съд, наложена на Димитър Викентиев и присъдата на Цецо Кривачков и също определи условни присъди.
За Тома Томов и Димитър Викентиев остана задължението да платят в полза на САС по 125 лв., както и по 5 лв. държавна такса. Но те могат да обжалват и това решение.
