Ф ондацията му "Бил и Мелинда Гейтс" (GatesFoundation.org) е създадена през януари 2000 г. чрез сливане на две други негови благотворителни организации - "Gates Learning Foundation", която работеше за достъп на библиотеките до новите технологии, и "William H. Gates Foundation", която съсредоточаваше усилията си в здравеопазването в глобален мащаб.
Сега фондацията, базирана в Сиатъл, се ръководи от баща му Уйлям Х. Гейтс-старши, и разполага за своята кауза с дарените от фамилията близо 28,8 млрд. долара.
Средствата се разпределят поравно в четири области: борбата с болестите, ограмотяването, обществените библитеки и подкрепата за семейства в риск в щата Вашингтон и Орегон.