Съществуват две версии за произхода на новия вид. Според едната "слоновете пигмеи" били пренесени още през 17 век като подарък на султана на Борнео (не се уточнява от къде), а другата твърди, че стадото е мигрирало от Суматра (Индонезия) преди повече от 10 000 години в края на последния ледников период.
Днес популацията на този вид наброява от 500 до 2000 слона и се нуждае от специално изучаване и защита.